Органи на управление на ДП „Пристанищна инфраструктура” са:
1. Министър на транспорта и съобщенията
2. Управителен съвет:
- Председател на УС – Йордан Георгиев
- Зам.-председател на УС – Михаил Андонов
- Член на УС – Станислав Йорданов
3. Генерален директор – Станислав Йорданов
Станислав Йорданов е назначен за генерален директор на ДППИ със заповед на министъра на транспорта и съобщенията до провеждането на конкурсна процедура. Притежава магистърска степен по „Корабоводене и експлоатация и ремонт на корабна техника за търговски флот“ от ВВМУ "Н. Й. Вапцаров" - гр. Варна, както и магистърска степен по „Корпоративни финанси“ от УНСС – София.
4. Заместник генерален директор оперативна дейност – Иван Вълков
Дейността на Управителния съвет на предприятието се подпомага от Стопански съвет, който се състои от директорите на Клоновете – териториални поделения на предприятието и директора на дирекция „Инфраструктура, акватория и собственост” в ДППИ.